OBJETIVO: Compreender os dilemas éticos vivenciados pelos sujeitos docentes, da graduação de Enfermagem e Medicina, com os discentes foi o objetivo deste estudo. METODOLOGIA: Trata-se de uma pesquisa exploratória descritiva qualitativa, realizada com 18 professores da graduação da Enfermagem e Medicina de duas Universidades do Rio Grande do Sul, uma pública e outra privada, com coleta de dados por meio de entrevista semi-estruturada, com análise de conteúdo temática. RESULTADOS: Nos resultados emergiram quatro categorias: desvio de conduta; preconceito e discriminação; conflito educacional e manejo ético dos dilemas. Os docentes pesquisados relataram que enfrentam diversos dilemas éticos, sendo o manejo mais frequente o diálogo, somente quando este não funciona aplicam a punição. CONSIDERAÇÕES FINAIS: Constatou-se que os dilemas existem e são semelhantes, independente do tipo de Universidade.