O potencial de discriminação dos sorotipos de Salmonella por análise da sequência dos genes 5S, 23S, aspU, dkgB e das regiões intergênicas, foi investigada através da ribotipagem. As 13 cepas de 5 sorotipos diferentes de Salmonella foram sequenciadas a partir do DNA amplificado por reação em cadeia da polimerase e comparadas com sequências de referência depositados no GenBank. A avaliação de similaridade demonstrou que, independentemente da ISR, isolados de mesmo sorotipo apresentam maior identidade genética. Na comparação entre as ISRs, a ISR 2 é a região com maior variabilidade e consequentemente melhor potencial para a discriminação dos sorotipos. O método de ribotipagem para a análise da região intergênica mostrou-se eficiente na discriminação de sorotipos de Salmonella.